前言：

      國內很多牧場選擇公牛時喜歡設定每個性狀的最低限值，比如要求公牛$NM≥800，產奶量育種值≥1200，生產壽命≥4。這樣做存在很大弊端，假如A公牛$NM指數813，產奶量育種值1200，生產壽命5.0，B公牛$NM指數883，產奶量育種值1100，生產壽命7.6，難道B公牛就不能用了嗎？但令人高興的是，國內育種理念超前的牧場已開始通過自定義指數挑選公牛，這篇文章主要介紹在制定自定義指數時存在的一些誤區。

育種指數是根據奶牛不同性狀的經濟價值來確定奶牛總經濟價值的方法，選擇正確的經濟價值性狀及設定每個性狀的權重，可以最大限度地提高奶牛遺傳改良的總體經濟價值。

如今自定義育種指數已相對容易，對于大部分育種公司來說也是一種常規服務，它允許牧場主建立一個適合牧場管理和市場需求的特定指數，更多地強調適合牧場需求的最重要性狀，剔除一些對牧場沒有價值的性狀。

那么，自定義指數是實現更快遺傳進展和群體盈利能力的最好方法嗎？許多牧場主相信——如果選擇的性狀集中在一個或者極少數性狀上，那么牛群遺傳進展會更快。

但是，許多性狀都會影響到牧場的實際盈利能力，自定義指數可能會忽視相關性狀對遺傳價值的影響，導致高估或低估一些特定性狀的價值。本文主要針對自定義指數存在的錯誤觀點以及可能產生的后果進行說明。

制定自定義指數時很容易忽略遺傳性狀之間的相關性，隨著時間的推移，這可能對群體遺傳進展產生重大影響。為了說明這一點，在2018年8月出版的$NM修訂版中，用各個性狀之間的相關性和遺傳進展公式創建了一個電子表格，當改變某個性狀的權重時，電子表格可以預測預期的性狀遺傳進展。

假設一個牧場主要關注牛奶中的蛋白質，自定義指數時就可以對蛋白質設定一個相當大的權重，只給乳脂量少許的權重；同時，這個牧場還重視奶牛的健康性狀，那么就需要集中在女兒懷孕率和生產壽命上。因此，這個牧場的自定義指數權重為60%的蛋白質、10%的脂肪、20%的生產壽命和10%的女兒懷孕率。這個指數非常簡單，緊緊地集中在幾個最重要的性狀上面。

表1顯示了自定義指數（$Cust）和$NM指數各個性狀的權重、相關性和預期遺傳進展的比較，藍色部分為各個性狀在5年后獲得遺傳進展的優勢。

表1中，與$NM相比，自定義指數在乳蛋白量上將獲得更大的遺傳進展，然而有趣的是，與$NM相比，女兒懷孕率和生產壽命的遺傳進展預計會減少。

請記住，自定義指數在這兩方面都有較高的權重，這是由于沒有考慮到女兒懷孕率和生產壽命與$NM其它性狀之間的關系。如果不選擇與女兒懷孕率和生產壽命相關的其它性狀，他們的預期遺傳進展就會降低。

為證明表1的預期結果，從2018年8月份開始，比較了目前在群的荷斯坦公牛，分別使用自定義指數（$Cust）和$NM指數進行排名，對比每項指數前25%的公牛各個性狀的育種值；同樣，將兩家大型奶牛場經過基因組檢測的母牛集中在一起，也分別使用自定義指數（$Cust）和$NM指數進行排名，表2顯示出與表1相同的結果。(即使$Cust指數在PL和DPR上的權重更高，選出的公牛育種值仍然低于$NM)

為了可以進一步了解自定義指數和$NM指數在實際牧場中表現，在2017年美國一家牧場對約1500只母牛進行了回顧性分析。使用父母平均值用以計算每頭奶牛的自定義指數($Cust)和$NM指數。表3顯示了兩個指標前25%的母牛各個性狀的實際表現和遺傳育種值。很有意思的是，自定義指數的群體平均產奶時間減少了33天。

當對群體中所有牛群按照四等分進行比較時，兩種選擇指數與奶牛的平均產奶時間產生了較大的差異，使用$NM指數與平均產奶時間的線性趨勢更加一致，這表明$NM指數對奶牛的產奶壽命指向性更好。（圖1）

最后，應該謹慎地處理自定義指數，一個牧場可以制定一個比通用的育種指數更能滿足牧場需求的自定義指數，但是，在制定之后，要明確地了解預期結果。

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